Το 3ο Γυμνάσιο Κιλκίς συμμετέχει σε διακρατικό πρόγραμμα COMENIUS μαζί με άλλες 7 χώρες( Ισπανία ,Ιταλία ,Φινλανδία ,Τουρκία ,Πολωνία,Ρουμανία,Γαλλία )με θέμα : «Η επίδραση του κλίματος στο ανθρωπογενές και φυσικό περιβάλλον της περιοχής μας».
Στα πλαίσια αυτού του προγράμματος πραγματοποιήθηκε από 22-27/9/2013 στο Κιλκίς η ενδιάμεση γενική συνάντηση των 20 υπευθύνων του προγράμματος απ΄όλες τις χώρες που συμμετέχουν. Κατά τη διάρκεια της παραμονής τους στο Κιλκίς εξετάστηκε η πορεία του προγράμματος και πραγματοποιήθηκαν επισκέψεις στη λίμνη Κερκίνη, στα Πορόια,  στη Βεργίνα,  στη Θεσσαλονίκη, στη Χαλκιδική και στο Πάικο, όπου επισκέφτηκαν αρχαιολογικούς χώρους και περιοχές ιδιαίτερου φυσικού κάλλους.
Στα πλαίσια του ίδιου προγράμματος πραγματοποιήθηκε από 14 έως18/10/2013 επίσκεψη 2 καθηγητριών και 4 μαθητριών στο Pozzuoli της Ιταλίας(κοντά στη Νάπολη).Εκεί οι μαθήτριες φιλοξενήθηκαν σε σπίτια Ιταλών μαθητών ,οι οποίοι συμμετείχαν στο αντίστοιχο πρόγραμμα,και παρουσίασαν την εργασία τους με θέμα «Γεωλογική μορφολογία και επίδραση του κλίματος στο τοπίο».Παράλληλα οι Ελληνίδες μαθήτριες και καθηγήτριες ενημερώθηκαν για τον τρόπο λειτουργίας του Ιταλικού εκπαιδευτικού συστήματος ,παρακολούθησαν κάποια μαθήματα στο εκεί σχολείο και ξεναγήθηκαν στο ενεργό ηφαίστειο Solfatarra,στη Νάπολη και στους αρχαιολογικούς χώρους του Pozzuoli,όπου έκαναν και ιστιοπλοΐα.