Όμως ο θάνατός του αποτελεί ένα από τα τραγικότερα και σκοτεινότερα σημεία της Επανάστασης του 1821, καθώς πέφτει επάνω του η βαριά σκιά της πιθανής δολοφονίας .
Ο λόγιος και ιστοριοδίφης Γιάννης Βλαχογιάννης(1867-1945) στο βιβλίο του : «Καραϊσκάκης. Βιογραφία βγαλμένη από ανέκδοτες πηγές, βιβλιογραφία και στοματικές παραδόσεις (1943)» σκιαγραφεί τον διπλωμάτη και πολιτικό Αλέξανδρο Μαυροκορδάτο ( 1791- 1865) ως οργανωτή της δολοφονίας του Καραϊσκάκη- καθώς μεταξύ των δύο αντρών υπήρχε ένας κλιμακούμενος, αδιαπραγμάτευτος κύκλος αντιπαλότητας - που άρχισε, λόγω του ότι ο Καραϊσκάκης ζητούσε επίμονα από τον Μαυροκορδάτο- τότε Διευθυντή της Δυτικής Ελλάδας- να τον διορίσει στρατιωτικό αρχηγό στην επαρχία των Αγράφων και αυτός αρνιόταν.
Aποκορύφωση της τόσο κακής σχέσης τους ήταν το γεγονός ότι ο Μαυροκορδάτος διεκήρυξε προδότη τον Καραϊσκάκη -ότι με μυστικές συνεννοήσεις υποσχέθηκε στον Ομέρ Βρυόνη να του παραδώσει το Μεσολόγγι και το Ανατολικό- τον έσυρε σε δίκη, του αφήρεσε τον βαθμό του και τον διέταξε να αναχωρήσει από τη Δυτική Ελλάδα. Ηταν μία από τις προσπάθειες του Μαυροκορδάτου να ενισχύσει την κεντρική εξουσία του και να καταργήσει την αυτοτέλεια των οπλαρχηγών.
Ο δε λογοτέχνης, δημοσιογράφος και ιστορικός Δημήτρης Φωτιάδης (1898- 1988) στο βιβλίο του με τίτλο: «Καραϊσκάκης» αναφέρει ότι : «… εμπνευστές της σατανικιάς δολοφονίας του Καραϊσκάκη στάθηκαν: ο Κόχραν, ο Τσώρτς και ο Μαυροκορδάτος…».
Ο Κόχραν και ο Τσώρτς ήταν Βρετανοί αξιωματικοί που είχαν -αρχές Απριλίου του 1827- οριστεί αρχηγοί όλων των Δυνάμεων Αττικής: ο Τσώρτς για τον στρατό ξηράς και ο Κόχραν για το ναυτικό, τους οποίους ο Καραϊσκάκης μόλις και μετά βίας ανεχόταν από πατριωτική ανάγκη, λόγω σοβαρών διαφωνιών και διενέξεών τους, για τον τρόπο διεξαγωγής των πολεμικών επιχειρήσεων.
Όμως η εκδοχή αυτή της δολοφονίας του Καραϊσκάκη ίσως να καλλιεργήθηκε και να επιτάθηκε μέσα στο διάβα του καιρού, απ’ αυτά που ανέφερε στο βιβλίο του, με τίτλο : «Η βιογραφία του στρατηγού Καραϊσκάκη, έκδοσης 1834», ο κατεξοχήν πρώτος σημαντικός βιογράφος του -ο αγωνιστής της Επανάστασης του 1821, λόγιος, δικαστικός, πολιτικός και γραμματικός του Γεωργίου Καραϊσκάκη από το 1826, δηλαδή το τελευταίο διάστημα της ζωής του: Δημήτριος Αινιάν (1800-1881). Είχε βέβαια προηγηθεί, μια παλαιότερη και πολύ σύντομη βιογραφία του Καραϊσκάκη, η οποία γράφηκε το 1828, από τον αγωνιστή Γεώργιο Γαζή (1795-1855), πρώην γραμματέα, μυστικό σύμβουλο και χιλίαρχο του στρατηγού Καραϊσκάκη.
Γράφει τα κάτωθι γι΄αυτή τη δεύτερη, αλλά τόσο σημαντική βιογραφία του Καραϊσκάκη- έργο του Δημητρίου Αινιάν- ο Γιάννης Βλαχογιάννης, στον πρόλογο της δεύτερης έκδοσης του βιβλίου αυτού, την οποία επιμελήθηκε ο ίδιος το 1903 : «Η σπουδαιοτάτη αυτή βιογραφία του Γεωργίου Καραϊσκάκη, γραφείσα παρ΄ανδρός όστις μετέσχε των δύο τελευταίων μεγάλων εκστρατειών του ηρωικού στρατάρχου και υπηρέτησεν υπ΄αυτόν ως έμπιστός του γραμματεύς και συμμαχητής, είναι η μόνη αυθεντική έκθεσις περί του βίου και των έργων του βαθυγνώμονος και γενναιοκάρδου Ρουμελιώτου, όστις υπήρξεν η πρώτη στρατιωτική μεγαλοφυία της νεωτέρας Ελλάδος. Το έργον του Δημητρίου Αινιάνος εχρησίμευσεν αργότερα ως η κυριωτέρα πηγή εις την γνωστήν βιογραφικήν μελέτην του ιστορικού Κ, Παπαρρηγοπούλου».
Στη βιογραφία λοιπόν αυτή του Καραϊσκάκη, αναφέρει ο Δημήτριος Αινιάν ότι στις 22 Απριλίου 1827, ενώ ο Καραϊσκάκης προσπαθούσε να ελέγξει μία συμπλοκή στην περιοχή του Φαλήρου, « την οποίαν άνευ διαταγής του και ασκέπτως εκίνησαν Κρητικοί τίνες και Υδραίοι» με τις τουρκικές δυνάμεις- λίγες ώρες πριν από την προγραμματισμένη, μεγάλη επίθεση για τη διάσπαση της πολιορκίας της Ακρόπολης από τις δυνάμεις του Κιουταχή- « πληγώνεται και πίπτει από τον ίππον του», «τον μετέφερον εις μίαν γολέτταν» και εκεί ο ΚαραΪσκάκης, αφού τον φρόντισαν «διώρισε να γράψωσιν εις τους αξιωματικούς Παλαμιδιώτας να έλθωσιν να τους ιδή».
Οι Παλαμιδιώτες αυτοί « έκλεξαν και του έστειλαν : τον Χριστόδουλον Χατζή Πέτρου και τον Γαρδικιώτην Γρίβαν». Σε αυτούς λοιπόν τους δύο -αφού τους είπε τις παραγγελίες του ο Καραϊσκάκης και τους ανέφερε επίσης τη διαθήκη του - γράφει στη συνέχεια ο Αινιάν ( σελίδα 209):
«Λέγουν ότι εν παρόδω τρόπον τινά ανέφερεν εις αυτούς ( τους : Χριστόδουλον Χατζή Πέτρου και τον Γαρδικιώτην Γρίβαν ) ότι επληγώθη από το μέρος των Ελλήνων , ότι εγνώριζε τον αίτιον και ότι, αν ήθελε ζήση, ήθελε τον κάμει γνωστόν και εις το στρατόπεδον».
Αυτή η βαρυσήμαντη γραπτή αναφορά- εκφρασμένη από ένα τόσο στενό και έμπιστο συνεργάτη του Καραϊσκάκη -θα αφήνει το θέμα του θανάτου του Καραϊσκάκη αναπάντητο μέσα στους αιώνες, αιώνια μετέωρο- γιατί τελικά ο Καραϊσκάκης δεν έζησε για να κατονομάσει τον αίτιο, τον οποίον πιθανά δεν ήθελε να γνωστοποιήσει εκείνη την κομβική για τον Αγώνα στιγμή, για να μην δημιουργηθεί διχόνοια και διχοστασία στο στρατόπεδο, θεωρώντας πως και η απόδοση της δικαιοσύνης δεν ήταν θέμα εκείνης της τόσο κρίσιμης στιγμής.
Επομένως ό,τι και αν έχει ειπωθεί, θα είναι τελικά υποψίες και πιθανολογούμενες εκδοχές για τις ακριβέστατες συνθήκες και τους αίτιους του θανάτου του, αν αυτός δεν προκλήθηκε στην πραγματικότητα από ένα τουρκικό βόλι - σύμφωνα με την επίσημη ιστορική καταγραφή- την οποίαν στηρίζουν κάποιες πρωτογενείς ιστορικές πηγές : όπως η σύγκλιση υπέρ αυτής της εκδοχής του Ιωάννη ( Γενναίου ) Κολοκοτρώνη (1806- 1868 ), γιου του Θεόδωρου Κολοκοτρώνη, την οποία εκδοχή αναφέρει λεπτομερειακά στα «Απομνημονεύματά του». Ο Ιωάννης ( Γενναίος ) Κολοκοτρώνης ήταν επί κεφαλής σώματος Πελοποννησίων, το οποίο ενίσχυε τον Καραϊσκάκη σε αυτήν την προσπάθεια λύσης της πολιορκίας της Ακρόπολης από τον Κιουταχή και ήταν μαζί του, στη διάρκεια των τελευταίων τραγικών γεγονότων . Aναφέρει δε : « Tότε δύο Τούρκοι γνωρίσαντες τον Καραϊσκάκην από τους δουλαμάδας του εξήλθον της μάνδρας και ενεδρεύσαντες δεξιά προς την θάλασσαν, ένθα κείται μικρόν τι κτίριο και τι δένδρον, επυροβόλησαν κατ ‘ αυτού και τον επλήγωσαν θανατηφόρως κατά την γαστέραν».
Και αυτή όμως η ιστοριογραφική εκδοχή δεν αποτελεί ένα αδιάσειστο και μη αμφισβητούμενο στοιχείο, καθώς υπάρχουν άλλες μαρτυρίες , όπως αυτή του Κύπριου αγωνιστή Ιωάννη Σταυριανού (1804-1887) - αυτόπτη μάρτυρα επίσης του τραγικού γεγονότος τραυματισμού του Καραϊσκάκη- την οποία μαρτυρία αναφέρει στα Απομνημονεύματά του, με τίτλο: «Πραγματεία των περιπετειών του βίου μου και συλλογή διαφόρων αντικειμένων αγνώστων έτι εν τη ελληνική Ιστορία». Γράφει ο Ιωάννης Σταυριανός : «ο τραυματισμός του Καραΐσκου εγένετο όχι πολύ μακράν από εμέ και του συντρόφου μου … Τούρκοι από τη μάνδρα δεν εξήλθαν και όχι μόνον αυτήν την φοράν αλλ ΄εικοσάκις προσβάλαμε την μάνδραν αυτήν. Οι Έλληνες ήσαν πάρα πολύ πλησίον της μάνδρας και ο Καραΐσκος ήταν εδώθεν της μάνδρας προς Πειραιάν. Ο Τούρκος που ευρέθη; Η φήμη εκυκλοφόρησεν αμέσως δια την δολοφονίαν και ήτο αλάνθαστος».
