Στις 31 Αυγούστου, ο Κεμάλ δηλώνει στον Άγγλο πρόξενο της Σμύρνης ότι η Τουρκία βρίσκεται σε εμπόλεμη κατάσταση με τη Βρετανική Αυτοκρατορία, και μόνο η άμεση παραχώρηση της Ανατολικής Θράκης θα μπορούσε να αποτρέψει τη σύγκρουση στην ουδέτερη ζώνη των Στενών, τα οποία ήταν υπό τον έλεγχο των συμμάχων. Η Γαλλία συμφωνεί και προτείνει στην Αγγλία να δεχτεί τη μετατόπιση του ελληνικού στρατού πίσω από τη γραμμή Αίνου Μήδειας. Η Αγγλία απορρίπτει την πρόταση, και ανακοινώνει ότι θα αντιμετωπίσει με πόλεμο την κεμαλική απειλή στη ζώνη των Στενών. Η Γαλλία και η Ιταλία όμως, δεν συμφωνούν και αποσύρουν τις δυνάμεις τους απ’ το Τσανάκαλε, αφήνοντας τους Άγγλους μόνους.
Η απόφαση από τους συμμάχους για την παραχώρηση της Ανατολικής Θράκης, ελήφθη στο Παρίσι στις 9 Σεπτεμβρίου 1922, μετά από θυελλώδεις συσκέψεις τριών ημερών μεταξύ των Γάλλων και των Βρετανών.
Στις 10 Σεπτεμβρίου 1922, οι τρεις δυνάμεις της Αντάντ κάλεσαν την Τουρκία σε διαπραγματεύσεις για σύναψη ανακωχής στα Μουδανιά, με αντάλλαγμα την προσφορά της Ανατολικής Θράκης μέχρι τον Έβρο.
Τα κέρδη για τους συμμάχους ήταν σημαντικά. Η Μεγάλη Βρετανία ήλεγχε τη Μεσοποταμία, το Κουρδιστάν και τα πετρέλαια της Μοσούλης, η Γαλλία τη Συρία και τον Λίβανο και η Ιταλία απολάμβανε την καταστροφή της Ελλάδας. Συγχρόνως, είχαν αποσπάσει την Τουρκία από την προσέγγισή της με τη Σοβιετική Ένωση.
Ποια, όμως, ήταν η κατάσταση τότε στην Ανατολική Θράκη; Το Δ΄ Σώμα στρατού δεν είχε καμιά ανάμειξη στο μικρασιατικό μέτωπο και δεν είχε απώλειες. Ενισχύθηκε, μάλιστα, και από το Γ΄ Σώμα Στρατού της Μικράς Ασίας, όταν αυτό υποχώρησε και διαπεραιώθηκε στη Ραιδεστό. Παρά την εντύπωση, όμως, της μεγάλης ισχύος λόγω του μεγέθους του, ο στρατός είχε πολύ πεσμένο ηθικό και παρουσίαζε έντονα σημάδια έλλειψης πειθαρχίας. Εκατοντάδες οπλίτες αυτοαπολύονταν από τις μονάδες της Θράκης κι έφευγαν στα σπίτια τους, χωρίς να δώσουν λογαριασμό σε κανέναν.
Αντίθετα, ο τουρκικός στρατός μπορεί να είχε υψηλό ηθικό, αλλά αυτό δεν έφτανε για να καταλάβει την Ανατολική Θράκη. Θα έπρεπε:
1) να συγκρουστεί με τους Άγγλους που κατείχαν το Τσανάκαλε,
2) να διαπεραιώσει στρατό απ’ τη Μικρά Ασία στην Ανατολική Θράκη, κάτι μάλλον αδύνατο, αφού δεν διέθετε ναυτικό, ενώ το ελληνικό ναυτικό περιπολούσε στην Προποντίδα και
3) να νικήσει τον ελληνικό στρατό στην Ανατολική Θράκη, ο οποίος θα ενισχυόταν γρήγορα και από τις μονάδες που είχαν καταλήξει στα νησιά. Γίνεται αντιληπτό, ότι η Ανατολική Θράκη δεν διέτρεχε την περίοδο εκείνη κάποιου είδους στρατιωτικό κίνδυνο.
Εντωμεταξύ στον ελληνικό στρατό, που εγκατέλειψε τη Μικρά Ασία και διαπεραιώθηκε στις 3 Σεπτεμβρίου στη Χίο και τη Μυτιλήνη, κυριαρχούσαν αισθήματα οργής και αγανάκτησης κατά των υπευθύνων της Καταστροφής. Πίστη της πλειοψηφίας των αξιωματικών ήταν πως ο ελληνικός στρατός δεν νικήθηκε αλλά προδόθηκε. Και οι προδότες έπρεπε να τιμωρηθούν.
Στις 11 Σεπτεμβρίου 1922, τριμελής επαναστατική επιτροπή, με επικεφαλής τον φιλοβενιζελικό συνταγματάρχη Νικόλαο Πλαστήρα, κατάργησε τις πολιτικές και στρατιωτικές αρχές στη Χίο, ενώ το ίδιο έγινε και στη Μυτιλήνη, από επιτροπή με επικεφαλής τον φιλοβασιλικό συνταγματάρχη Στυλιανό Γονατά. Την ίδια μέρα προσχώρησε στο κίνημα και ο στόλος, κι έτσι λύθηκε και το πρόβλημα μεταφοράς των επαναστατών στην Αθήνα.
Στις 12 Σεπτεμβρίου 1922, ο στρατός και ο στόλος έπλεαν για την Αθήνα, με σκοπό να ανατρέψουν τον Κωνσταντίνο και το καθεστώς του, και να σώσουν την Ανατολική Θράκη. Σύνθημά τους: «ΕΛΛΑΣ – ΣΩΤΗΡΙΑ».
Την ίδια μέρα, ο βασιλικός πρωθυπουργός Τριανταφυλλάκος, που είχε πλήρη άγνοια για το κίνημα, σε συνομιλία του με τον Άγγλο πρεσβευτή, δεχόταν να συμμορφωθεί με την απόφαση των Μεγάλων Δυνάμεων, ως προς την παραχώρηση της Ανατολικής Θράκης.
Στις 13 Σεπτεμβρίου, οι επαναστάτες έφτασαν στο Λαύριο και απαίτησαν την άμεση απομάκρυνση του Κωνσταντίνου από το θρόνο και από την Ελλάδα. Την επομένη, 14 Σεπτεμβρίου, ο βασιλιάς παραιτήθηκε. Την ίδια μέρα, το κίνημα διόρισε τον αυτοεξόριστο, από το 1920, Ελευθέριο Βενιζέλο αντιπρόσωπο της Ελλάδας στο εξωτερικό.
Πίστη των επαναστατών ήταν πως «την καταστροφήν επέφερεν η απομάκρυνσις της Ελλάδος από την συμμαχικήν οικογένειαν».
Γι’ αυτό και στόχος τους ήταν, όπως υποστήριζαν, ο σχηματισμός κυβέρνησης της εμπιστοσύνης της Αντάντ και η υπεράσπιση της Ανατολικής Θράκης.
Στις 15 Σεπτεμβρίου, όμως, οι Πλαστήρας και Γονατάς δοκίμασαν οδυνηρή έκπληξη και μεγάλη απογοήτευση όταν, σε συνάντησή τους με τους πρεσβευτές της Αγγλίας και της Γαλλίας, πληροφορήθηκαν ότι η απόφαση των Συμμάχων, για παραχώρηση της Ανατολικής Θράκης στην Τουρκία, ήταν οριστική.
Στις 19 Σεπτεμβρίου, μάλιστα, ο Άγγλος πρεσβευτής διευκρίνισε στον Πλαστήρα, ότι η Ελλάδα δεν θα έπρεπε να περιμένει καμμιά βοήθεια από τις Μεγάλες Δυνάμεις, για την αποκατάσταση των προσφύγων και την ανασυγκρότησή της μετά τη Μικρασιατική καταστροφή, αν δεν αποδεχόταν την απόφασή τους για παραχώρηση της Ανατολικής Θράκης στην Τουρκία. Ο Πλαστήρας δήλωσε ότι θα ακολουθούσε τις συμβουλές του Βενιζέλου.
Την ίδια μέρα, 19 Σεπτεμβρίου, σε συνομιλία του με τον Άγγλο υπουργό εξωτερικών, ο Ελευθέριος Βενιζέλος αρνήθηκε την αποχώρηση του ελληνικού στρατού από την Ανατολική Θράκη καθώς, όπως υποστήριξε, αν δεχόταν κάτι τέτοιο στην Συνθήκη Ανακωχής, δε θα υπήρχε τίποτα για διαπραγμάτευση κατά τη Διάσκεψη της Ειρήνης που θα ακολουθούσε.
Στις 20 Σεπτεμβρίου 1922, όμως, ο Βενιζέλος έστειλε τηλεγράφημα στους ηγέτες της Επανάστασης με το οποίο συνιστούσε στην ελληνική κυβέρνηση να δεχθεί την άμεση εκκένωση της Ανατολικής Θράκης.
«Η απώλεια της Ανατολικής Θράκης είναι καταστροφή ανεπανόρθωτος…, εφόσον οι Δυνάμεις απεφάσισαν τη απόδοσιν ταύτης εις την Τουρκίαν…. Η κυβέρνησις είναι ανάγκη, όσον τάχιστα, να χαράξει την πολιτικήν της».
Και, αφού τόνιζε ότι οι Τούρκοι θα απειλούσαν και τη Δυτική Θράκη, τελείωνε με τη δήλωση ότι σε περίπτωση που η κυβέρνηση θα αποφάσιζε να κρατήσει την Ανατολική Θράκη «…αι θερμαί μου ευχαί θα συνοδεύουν τον αγώνα τούτον του έθνους, αλλά ευρίσκομαι εν τοιαύτη περιπτώσει εις την θλιβεράν ανάγκην να αρνηθώ την αποδοχήν της τιμητικής εντολής όπως αντιπροσωπεύσω την χώραν εις το εξωτερικόν».
Στις 22 Σεπτεμβρίου έφτασε στα Μουδανιά η ελληνική αντιπροσωπεία, με επικεφαλής τον Υποστράτηγο Αλέξανδρο Μαζαράκη Αινιάν, να παραβρεθεί στη Στρατιωτική Σύσκεψη Ανακωχής, η οποία, όμως, είχε ήδη αρχίσει τις εργασίες της στις 20 Σεπτεμβρίου χωρίς την παρουσία της Ελλάδας.
Οι Έλληνες αντιπρόσωποι ενημερώθηκαν για το ήδη συμφωνημένο κείμενο, με βάση το οποίο οι ελληνικές δυνάμεις έπρεπε να εγκαταλείψουν άμεσα την Ανατολική Θράκη. Μόνο οι λεπτομέρειες θα μπορούσαν να συζητηθούν. 
Η ελληνική αντιπροσωπεία αντέδρασε έντονα, γεγονός που εξόργισε τον Γάλλο αντιπρόσωπο στα Μουδανιά Charpy. Κάποιοι μάλιστα τον χαρακτήρισαν «άθλιο», για την όλη συμπεριφορά του. Ο Ιταλός αντιπρόσωπος ήταν πιο μετριοπαθής από τον Γάλλο, αν και συμφωνούσε σε γενικές γραμμές μαζί του. Αντίθετα, η βρετανική πλευρά, φαινόταν φιλικά διακείμενη προς την Ελλάδα.
Ο στρατηγός Αλέξανδρος Μαζαράκης Αινιάν, από τους πρωταγωνιστές της απελευθέρωσης της Θράκης το 1920, αναφέρει στα απομνημονεύματά του:
«…Τον Σεπτέμβριον του 1922 εκλήθην εις το Υπουργείον των Εξωτερικών, όπου μου ανέθεσαν να αντιπροσωπεύσω την Ελλάδα εις την μέλλουσαν να συνέλθη την 20 Σεπτεμβρίου εις Μουδανιά διάσκεψιν στρατιωτικών αντιπροσώπων της Ελλάδος, της Τουρκίας, της Γαλλίας, της Αγγλίας και Ιταλίας, προς σύναψιν ανακωχής. …
»Σημειωτέον ότι και εγώ και η κυβέρνησις ενομίζαμε ότι επρόκειτο μόνον περί ανακωχής, περί των γραμμών δηλαδή όπισθεν των οποίων θα έμενεν ο ελληνικός και ο τουρκικός στρατός μέχρι της συνθήκης της ειρήνης, ως άλλως εξήγετο και από την διακοίνωσιν των δυνάμεων…
»Εις την πρώτην συνεδρίασιν της 22ας Σεπτεμβρίου, γενομένην επί αγγλικού θωρηκτού, μας επέδειξαν κείμενον έτοιμον της συνθήκης της ανακωχής εις το οποίον είχον μείνει σύμφωνοι οι Τούρκοι και οι τέως σύμμαχοί μας, χωρίς καν να μας ερωτήσουν. Δια τούτο ωρίζετο η άμεσος εκκένωσις της Θράκης υπό του ελληνικού στρατού μέχρι τον Έβρον και ότι επρόκειτο μόνον να συζητηθούν αι λεπτομέρειαι της εκτελέσεως. Εδήλωσα αμέσως ότι το κείμενον τούτο προδικάζει την συνθήκην της ειρήνης, ότι εγώ ήλθον δια να συζητήσω περί ανακωχής και όχι δια να ακούσω την άμεσον κατάληψιν της Θράκης υπό των Τούρκων και ότι υπό τοιούτους όρους θεωρώ τούτο απαράδεκτον και ούτε οδηγίας τοιαύτας έχω, ούτε καν θέλω να λάβω γνώσιν. Κατά την διεξαχθείσαν συζήτησιν ο Γάλλος αντιπρόσωπος στρατηγός Σαρπύ εζήτει με νευρικότητα και εκβιαστικώς να μας πιέση εις άμεσον αποδοχήν των πάντων, επισείων τους κινδύνους της παρελκύσεως, αφού δήθεν οι σύμμαχοι ανέλαβον να πείσουν τον Κεμάλ να μη διαπεραιωθή εις Ευρώπην και μας καταδιώξη και παρεχώρησαν εις αυτόν την Θράκην, η οποία παραχώρησις είναι οριστική…
»Υπό τας συνθήκας ταύτας μετέβην εις την επί του αντιτορπιλλικού σύσκεψιν όπου ευθύς αμέσως εδήλωσα ότι μη γενομένης δεκτής ουδεμιάς ημετέρας προτάσεως δεν δύναμαι να υπογράψω…
»… Υπάρχει λοιπόν βάσιμος ελπίς ότι εάν παρετείναμεν την εκκρεμότητα, μη δεχόμενοι την εκκένωσιν της Θράκης και εν τω μεταξύ συντόνως ενισχύαμεν και ωργανούμεν τας εκεί στρατιωτικάς δυνάμεις μας, η μεν Ευρώπη δεν θα ήτο ηνωμένη δια να επέμβη, οι δε Τούρκοι δεν θα είχον εις χείρας των κανέν όπλον δια να εκβιάσουν και ημάς και την Ευρώπην.
»Προκειμένου, επαναλαμβάνω, δια τόσον μεγάλον έπαθλον όπως η Θράκη, ήξιζε τον κόπον να μεταχειρισθή η Ελλάς όλα τα μέσα δια να την κρατήση, φθάνουσα μέχρι του τελευταίου σημείου, όπου θα έβλεπε πλέον ότι η αντίστασίς της ήτο άσκοπος και εγέννα δεινοτέρους κινδύνους.
»Νομίζω λοιπόν ότι και ο Βενιζέλος εν Παρισίοις και η επανάστασις εν Αθήναις έσπευσαν πολύ, χάσαντες απ’ αρχής κάθε ελπίδα, να αποδεχθούν την εκκένωσιν της Ανατολικής Θράκης….
Τελικά, η Ανατολική Θράκη εγκαταλείφθηκε εθελόδουλα, παρά το ότι πολλοί πίστευαν ότι  αν οι Έλληνες αρνούνταν να εγκαταλείψουν την Ανατολική Θράκη, δεν είχαν να χάσουν τίποτε και θα κέρδιζαν πολύτιμο χρόνο. H απώλεια της Ανατολικής Θράκης, πέραν όλων των άλλων επιπτώσεων, στέρησε την Ελλάδα από την διέξοδό της στην Προποντίδα και τη Μαύρη Θάλασσα, που θα ενδυνάμωναν σημαντικά τον γεωστρατηγικό της ρόλο.
Στις 25 Σεπτεμβρίου, οι Έλληνες αντιπρόσωποι έλαβαν από τον Βενιζέλο μακροσκελές τηλεγράφημα το οποίο μεταξύ άλλων σημείωνε:
«Ολόκληρος προσπάθειά μου στρέφεται πως χάνοντες Θράκην, να σώσωμεν εν μέτρω δυνατώ τους Θράκας…. Ανάγκη, Θράκες να εγκαταλείψωσι την γην, ην από τόσων αιώνων κατοικούσιν αυτοί και οι πρόγονοί των. Δεν υπάρχει άλλο μέσον σωτηρίας. … συμμαχικά στρατεύματα αναλάβωσι προσωρινώς διοίκησιν, ίνα δοθεί καιρός εις θέλοντας εκ των κατοίκων να μετοικήσωσιν αποκομίζοντες την κινητήν των περιουσίαν».
Στις 28 Σεπτεμβρίου 1922, οι αντιπρόσωποι των Δυνάμεων, με πιο φανατικούς υποστηρικτές τους Γάλλους, προχώρησαν στην υπογραφή συμφωνίας ανακωχής, η οποία προέβλεπε την αποχώρηση του ελληνικού στρατού πίσω από τον Έβρο, μέσα σε 15 μέρες. Συμμαχικές δυνάμεις θα αναλάμβαναν να μεταβιβάσουν τις πολιτικές εξουσίες στις τουρκικές αρχές, μετά την εκκένωση της Ανατολικής Θράκης από τους κατοίκους της. Η Ελλάδα δεν υπέγραψε το τελικό κείμενο, αλλά το θέμα είχε λήξει.
Στις 30 Σεπτεμβρίου, ο Έλληνας αρμοστής στην Κωνσταντινούπολη, με ειδική διακήρυξη, δήλωσε ότι η ελληνική κυβέρνηση αποδεχόταν τη Συμφωνία των Μουδανιών.