Ωστόσο, η παραίτηση του διευθυντή ήταν μια προσωπική του επιλογή και δεν μπορούσε να υπάρξει ανάκλησή της. Ποια όμως ήταν η αιτία της παραίτησής του;
Στον έλεγχο που έγινε από τη Διεύθυνση Δευτεροβάθμιας Εκπαίδευσης Κιλκίς για τη νομιμότητα πτυχίων και των λοιπών στοιχείων του προσωπικού της διαπιστώθηκαν προβλήματα. Στις 20-2-2017 η Διεύθυνση με έγγραφό της ζήτησε από το Δημοκρίτειο Πανεπιστήμιο να απαντήσει αν όλα έχουν καλώς με τον διδακτορικό τίτλο του κ. Λέφα. Το πανεπιστήμιο απάντησε στις 9-3-2017 πως δεν υφίσταται διδακτορικό και με βάση αυτήν την απάντηση το ΠΥΣΔΕ γνωμοδότησε στις 29-3-2017 πως αποσύρεται η αναγνώριση της συνάφειας διδακτορικού τίτλου. Ο διδακτορικός τίτλος είχε αναγνωριστεί από τη Διεύθυνση  Δευτεροβάθμιας στις 15-11-2007 και η «χορήγηση επιδόματος διδακτορικού διπλώματος»!
Ετσι, στις 30-3-2017, ημέρα που οι μαθητές πραγματοποίησαν την αποχή τους από τα μαθήματα, δημοσιεύθηκε στη Διαύγεια η απόφαση του Διευθυντή Δευτεροβάθμιας, Κώστα Αθανασόπουλου, πως «δεν συντρέχουν οι προϋποθέσεις για τη βαθμολογική και μισθολογική εξέλιξη (του κ. Λέφα) από 15-11-2007».
Την ίδια ημέρα, το μεσημέρι της Πέμπτης, πραγματοποιήθηκε συνάντηση του Διευθυντή Δευτεροβάθμιας με τους καθηγητές και το Σύλλογο Γονέων, ενώ προσκλήθηκε και ήταν παρών και ο δήμαρχος Παιονίας, Χρήστος Γκουντενούδης. Στόχος της συνάντησης ήταν να ηρεμήσουν τα πράγματα και να επανέλθει η σχολική κοινότητα στην κανονικότητά της.
Χρέη διευθυντή στο σχολείο εκτελεί ο υποδιευθυντής του Γυμνασίου, μέχρι να ολοκληρωθούν οι διαδικασίες για την εκλογή νέου διευθυντή, πράγμα που θα καθυστερήσει, μετά την απόφαση του Συμβουλίου της Επικρατείας να θεωρηθεί αντισυνταγματικός ο τρόπος εκλογής διευθυντών.