Φίλη ότι η Εκκλησία έχε συμβάλει στην ηθική έκπτωση της κοινωνίας αλλά και αμφισβήτηση του ρόλου της σε δύσκολες ιστορικές περιόδους («πού ήταν η Εκκλησία στη χούντα; Πού ήταν στην Κατοχή;», είπε προσφάτως), έχουν προκαλέσει αντιδράσεις όχι μόνο στους εκκλησιαστικούς κύκλους αλλά και εκτός. Ο πρώην βουλευτής του ΣΥΡΙΖΑ και ιστορικό στέλεχος της Αριστεράς Μ. Γλέζος αποδοκίμασε τον κ. Φίλη για τις θέσεις του αυτές λέγοντας ότι «η πρώτη αντίσταση στην Ελλάδα έγινε από την Εκκλησία».

«Ήθελα να έχω εδώ τον κ. Φίλη για να του δώσω την ευκαιρία να ανασκευάσει όσα είπε για την Εκκλησία για το τι έκανε την περίοδο της κατοχής και της χούντας», είπε ο κ. Γεωργιάδης απευθυνόμενος προς τον υφυπουργό Παιδείας Θ. Πελεγρίνη, ο οποίος προσήλθε για να απαντήσει στην επίκαιρη ερώτησή του για αρχαία ελληνικά. Όπως σημείωσε, «είναι ντροπή ο κ. Φίλης, ο υπουργός Παιδείας, να πετάει έτσι λάσπη από το κόμπλεξ που έχει βαθιά μέσα του για την Εκκλησία».

Ο «γαλάζιος» βουλευτής είπε ότι η Εκκλησία, όταν έπεσε η χούντα, άλλαξε σχεδόν όλη την Ιερά Σύνοδο. «Τα πανεπιστήμια έκαναν το ίδιο αλλάζοντας όσους διορίστηκαν επί χούντας;», διερωτήθηκε για να προσθέσει: «Να σας πω εγώ ένα στέλεχος του ΣΥΡΙΖΑ που κάθεται στα υπουργικά έδρανα και διορίστηκε επί χούντας; Το 1972 διορίστηκε η κυρία Φωτίου στο πανεπιστήμιο. Θα πούμε ότι ήταν με τη χούντα;».

Και συνέχισε: «Ντροπή ο Έλληνας υπουργός Παιδείας να μη χάνει ευκαιρία να πετάει το σύμπλεγμα κατωτερότητας που έχει εναντίον της ελλαδικής εκκλησίας. Είναι προκλητικός και έπρεπε να είναι εδώ για να απαντήσει και να ανασκευάσει».

Ο κ. Πελεγρίνης αρκέστηκε να του πει ότι ο κ. Φίλης δεν κρύβεται και ότι «έχει πάντα το θάρρος της γνώμης του και απαντά και θα σας απαντήσει», ενώ τον διαβεβαίωσε ότι έχει όραμα για την Παιδεία.