Οι προσφεύγοντες υποστηρίζουν ότι εξαιτίας της τετράχρονης καθυστέρησης των έργων, καταστρέφονται σπάνια αρχαιολογικά ευρήματα. Οι ίδιοι προσκομίζουν στο ανώτατο ακυρωτικό δικαστήριο πρακτικά του ΚΑΣ με βάση τα οποία οι ανασκαφές δεν έχουν ολοκληρωθεί (προκειμένου να μην υπάρξει καθυστέρηση), ως εκ τούτου έχει συντελεσθεί ενσυνειδήτως πλήρης καταστροφή σημαντικών ευρημάτων με εσπευσμένες καταχώσεις, όπως είναι φερ΄ ειπείν αυτές τμήματος του αρχαίου λιμανιού, του αρχαίου μώλου στον Τιτάνειο Κήπο.

Υποστηρίζουν, δε, ότι οι προσβαλλόμενες υπουργικές αποφάσεις είναι αντίθετες στη Διεθνή Σύμβαση της Γρανάδας του 1985 για την προστασία της αρχιτεκτονικής κληρονομιάς στην Ευρώπη, στην υπογραφείσα Σύμβαση στο Παρίσι το 1972 για την προστασία της παγκόσμιας πολιτιστικής και φυσικής κληρονομιάς, καθώς και το άρθρο 24 του Συντάγματος.

Σημειώνουν, επιπλέον, ότι μία από τις έξι προσβαλλόμενες αποφάσεις του υπουργού Πολιτισμού είναι σε αντίθεση με την οικοδομική άδεια του έργου του 2012, καθώς εγκρίνεται η χωροθέτηση του υπόγειου υποσταθμού έλξης του Τραμ στην πλατεία Ωρολογίου, σε διαφορετικό σημείο από αυτό που έχει εγκριθεί με την άδεια.